Ενετοκρατία

Μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Γενουάτες, οι Ενετοί κατέλαβαν το νησί το 1212. Κατά την απογραφή πληθυσμού από τον Καστροφύλακα το 1583 η Ιεράπετρα δεν αναφέρεται εκ παραδρομής, αν και γίνεται αναφορά στον πληθυσμό των χωριών της. Ωστόσο στον κατάλογο των ιερέων, αναφέρονται 7 ιερείς στην πόλη. Η Βενετοκρατία διήρκεσε στην Ιεράπετρα από τον 13ο μέχρι τον 17ο αιώνα. Οι Ενετοί την περίοδο εκείνη είχαν διορίσει δικούς τους επισκόπους λατινικής καταγωγής. Η Ιεράπετρα έλαβε την σημερινή της ονομασία σε εκείνη την περίοδο και έπαψε να αποτελεί διοικητικό κέντρο, καθώς το ενδιαφέρον των Ενετών μεταφέρθηκε προς τη Σητεία. Έτσι, οι επαρχίες της Ιεράπετρας και Σητείας συγχωνεύτηκαν σε ένα τεριτόριο, με έδρα τη Σητεία, με σύνορα που ξεκινούσαν από το Καλό Χωριό και έφταναν μέχρι το Μύρτο, ενώ ένα μέρος της σημερινής επαρχίας Ιεράπετρας δυτικά του ποταμού Σαραντάπηχου αποτέλεσε διοικητικό τμήμα της επαρχίας Μπελβεντέρε του τεριτορίου του Χάνδακα (σημερινό Ηράκλειο).[11]
 
Το Κάστρο Καλές χτίστηκε τα πρώτα χρόνια της Βενετοκρατίας και ισχυροποιήθηκε από τον Φραντζέσκο Μοροζίνι (τον καταστροφέα της Ακρόπολης) το 1626[12] για να προστατεύει τον μικρό λιμένα, παρόλο που σύμφωνα με ντόπια παράδοση χτίστηκε από τον Γενοβέζο ναύαρχο Ενρίκο Πεσκατόρε το 1212.
 
Το Κάστρο Καλές, που κτίστηκε κατά την Ενετοκρατία.
 
 
Το 1293 στη Μονή Φανερωμένης συγκεντρώθηκαν οι επαναστάτες κατά την Επανάσταση του Αλέξιου Καλλέργη εναντίον των Ενετών. Κατά την ίδια περίοδο, έγιναν και άλλες εξεγέρσεις, όπως εκείνες των Αγιοστεφανιτών (1212) και η Επανάσταση των Καψοκαλύβων, το 1370.
 
Ο Ελευθέριος Πλατάκης αναφέρει ότι ολόκληρη η Ιεράπετρα ισοπεδώθηκε από ένα σεισμό τις 29 Μαΐου 1508[13] και ξαναχτίστηκε ύστερα από αρκετά χρόνια, στα μέσα του 16ου αιώνα ως μια μικρή κώμη με μικρό φρούριο. Ο σεισμός υπολογίζεται ότι είχε μέγεθος 7,2 Ρίχτερ και προκάλεσε σημαντικές ζημιές πέρα από την Ιεράπετρα στον Χάνδακα (σημερινό Ηράκλειο), όπου μόνο 4-5 σπίτια έμειναν κατοικήσιμα, και στη Σητεία.[14]
 
Λίγο πριν την Τουρκοκρατία ιδρύθηκε στην Ιεράπετρα λοιμοκαθαρτήριο (1619). Στο νοσοκομείο εκείνο απολυμαίνονταν τα πλοία που έφταναν στο λιμάνι της πόλης και νοσηλεύονταν οι χανσενικοί και λοιποί ασθενείς με λοιμώδη νοσήματα.
 
Αναφορικά με τις πολιτιστικές και αθλητικές εκδηλώσεις στην πόλη, ο περιηγητής Μπέλι αναφέρει ότι την εποχή εκείνη γίνονταν οι ναυμαχίες, που ήταν αγώνες ιστιοπλοΐας και γίνονταν σε ειδικά διαμορφωμένο λιμάνι. Ο τόπος όπου γίνονταν οι αγώνες ήταν η Μεγάλη Αλυκή, στα δυτικά της σημερινής Ιεράπετρας.