Τουρκοκρατία

Η πόλη έπεσε στα χέρια των Τούρκων το 1647, με αποτέλεσμα να υποβαθμιστεί ξανά σε έναν απλό συνοικισμό, όπως αναφέρεται από το Γάλλο βοτανολόγο και περιηγητή Ζοζέφ Πιτόν ντε Τουρνεφόρ . 

Το σπίτι όπου σύμφωνα με την παράδοση έμεινε ο Ναπολέων Βοναπάρτης.
Στις 26 Ιουνίου του 1798 ο Μέγας Ναπολέων , έπειτα από την αποτυχημένη εκστρατεία του στην Αίγυπτο, εγκατέλειψε τον ηττημένο στρατό του και σύμφωνα με την παράδοση, διανυκτέρευσε για ένα βράδυ στην Ιεράπετρα.[15] Το σπίτι που τον φιλοξένησε (που ανήκε στον Γεραπετρίτη προύχοντα Ανδρέα Περουλιό) υπάρχει ακόμα.Ο Περουλιός δεν είχε καταλάβει ότι ο ξένος που είχε περάσει τη νύχτα στο σπίτι του ήταν ο Ναπολέων, μέχρι που η γυναίκα του βρήκε κάτω από το μαξιλάρι ένα σημείωμα που έγραφε ότι το άτομο που είχε καταλύσει για μία νύχτα στην οικία τους ήταν ο Ναπολέων Βοναπάρτης. Το σπίτι του Ναπολέοντα όπως λέγεται σήμερα ανήκει στον Δήμο Ιεράπετρας, ο οποίος το αγόρασε από τον τελευταίο κληρονόμο Χαρίδημο Τζωρτζακάκη, απόγονο της Ευγενίας Περουλιού, κόρης του Ανδρέα.[16] Την εποχή της Τουρκικής κατοχής χτίστηκε ένα τζαμί το οποίο επίσης υπάρχει ακόμη στην παλιά πόλη. Στο μαρμάρινο ανώφλιο της εισόδου του αναγράφεται ένα απόσπασμα του Κορανίου. Εκεί στεγάζεται και η Φιλαρμονική του Δήμου και απέναντι βρίσκεται η βρύση του Τούρκου Δημάρχου Καρακάση. Το κτήριο που είναι γνωστό με την ονομασία Μεχτέπι ή Οθωμανική Σχολή κτίστηκε το 1899 για τα τουρκόπουλα. Βρίσκεται στην πλατεία Δημαρχείου και σήμερα αποτελεί ιδιοκτησία του Δήμου Ιεράπετρας και στεγάζει την Αρχαιολογική Συλλογή. Παλαιότερα φιλοξένησε τη Φιλαρμονική του Δήμου και ήταν έδρα Οικοκυρικής Σχολής.